深圳政府公报形式正式全文办法规定，历史遗留违法建筑经处理、初始登记后，为非商品性质房地产，限定自用，不得抵押、转让，但有三类历史遗留违法建筑在补缴地价的情况下可申请转为商品性质。办法提出对农村城市化历史遗留违法建筑采取分类处理方式。深圳加固企业了解到对非原村民所建，以及以房地产开发为目的未经批准建设的住宅类违法建筑，不予处理确认,办法将于4月1日起在试点区域内试行。
对原村民、农村集体经济组织或者其继受单位所建的住宅类历史遗留违法建筑，根据不同情况，免缴地价或按现行公告基准低价的25％补缴地价，并且超面积部分每平方米罚款30至200元。对于原村民违反“一户一栋”原则所建违法建筑的多栋部分，多栋的第三栋及以上栋数部分不予处理确认。
对生产经营性、商业、办公类历史遗留违法建筑，原农村集体经济组织继受单位按建筑面积每平方米罚款20元，位于非农建设用地红线内的免缴地价，位于非农建设用地红线外的按照现行公告基准地价的25％补缴地价；原村民、其他企业单位或者非原村民按建筑面积每平方米罚款120元，按照现行公告基准地价补缴地价。
住宅类历史遗留违法建筑处理确认为限定自用的非商品性质房地产的，如需出租、进行经营性活动时，应当按照有关规定办理手续，交纳土地使用税等有关税费。仅三类历史遗留违法建筑经处理确认、依法办理初始登记后，可以申请转为商品性质：原村民符合“一户一栋”原则的住宅类历史遗留违法建筑在480平方米以内的部分，按照申请转为商品性质时的公告基准地价的10％补缴地价；原农村集体经济组织继受单位所建商业、办公、生产经营性历史遗留违法建筑，按照申请转为商品性质时的市政府有关非农建设用地和征地返还用地土地使用权交易的有关规定缴纳地价；原村民、其他企业单位或者非原村民所建商业、办公、生产经营性历史遗留违法建筑，按照申请转为商品性质时的市场评估价补足地价办法还规定，历史遗留违法建筑当事人或者管理人申报后不愿意办理处理确认手续的，可以向区政府申请政府收购。政府收购后，可以根据房屋实际安全状况作为临时性保障性住房。
